在現代制藥行業中，原料藥的備案是一個復雜而重要的過程，它涉及到多個部門和機構的合作。根據現行的法律法規和藥品安全標準，備案通常需要包括以下機構：

1. 國家藥品監督管理總局（NMPA）：這是最核心的機構，負責監督和審批原料藥的生產合法性。備案材料通常包括工藝文件、質量標準、環境影響評價等。

2. 藥品安全監管部門（藥檢所等）：負責對生產現場進行現場檢查，確保生產符合GMP要求。

3. 公安部門：負責對生產現場的安全管理，確保符合警戒要求，防止非法倒賣和運輸。

4. 環境保護部門：負責審批原料藥的生產過程中的廢棄物處理和環保影響評估。

5. 市場監督管理總局（如適用）：負責對原料藥的市場準入進行監督，確保標簽、說明書的合規性。

6. 衛生部門：負責對原料藥的安全性進行評估，確保符合衛生標準。

7. 其他相關機構：根據具體情況進行其他部門的備案，如食品藥品監督管理總局等。

每個機構的具體要求和流程可能有所不同，因此在備案過程中需要仔細研究并遵循最新的法規要求。